เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน พ.ศ. 2549 สหภาพยุโรปได้เริ่มกระบวนการเจรจาเพื่อเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปอย่างเป็นทางการกับโครเอเชียและตุรกี และได้มีการลงนามว่าทั้งสองประเทศได้บรรลุในการรับนโยบายสหภาพยุโรปด้านวิทยาศาสตร์และการวิจัย

ตุรกีได้สมัครขอเข้าร่วมเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปอย่างเป็นทางการตั้งแต่เดือนเมษายน พ.ศ. 2530 ส่วนโครเอเชียทำการสมัครเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 2003 และคณะมนตรีแห่งสหภาพยุโรปได้มีมติให้เริ่มการเจรจาเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปอย่างเป็นทางการกับทั้งสองประเทศเมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2546

โดยในช่วงเสลาที่ผ่านมา ทางสหภาพยุโรปได้ทำการประเมินความคืบหน้าในการปรับกฎหมายของทั้งสองประเทศให้เข้ากับสหภาพยุโรป ซึ่งประกอบด้วยนโยบายในสาขาต่างๆ 35 สาขา ตามกระบวนการ Acquis Communautaire และเมื่อวันที่ 12 มิถุนายน พ.ศ. 2549 ที่ผ่านมา ทางสหภาพยุโรปได้เริ่มเปิดการเจรจาในนโยบายสาขาแรกด้านวิทยาศาสตร์และการวิจัยกับโครเอเชียและตุรกี และได้ลงนามตกลงในสาขาดังกล่าวกับทั้งสองประเทศในวันเดียวกัน

อย่างไรก็ตาม ก่อนที่ทั้งสองประเทศจะเข้าร่วมสหภาพยุโรปได้นั้น จะต้องผ่านการเจรจารับนโยบายของสหภาพยุโรปอีก 34 สาขาก่อนจะเสร็จสิ้นกระบวนการ ซึ่งกระบวนการดังกล่าวอาจใช้ระยะเวลามากกว่า 10 ปี

การที่ตุรกีเริ่มการเจรจาเข้าร่วมสหภาพยุโรปอย่างเป็นทางการนั้นได้รับการจับตามองเป็นพิเศษ เพราะนอกเหนือไปจากปัญหาเรื่องสิทธิมนุษยชน และ “ความแตกต่าง” ในเชิงศาสนาและวัฒนธรรมแล้ว ปัญหาระหว่างตุรกีและไซปรัสซึ่งยังคงค้างคาอยู่ ได้รับการจับตามองเป็นพิเศษว่าจะเป็นหนึ่งในอุปสรรคสำคัญสำหรับการเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปของตุรกี โดยในหนึ่งเงื่อนไขที่ทางการสหภาพยุโรปได้กำหนดในกรอบการเจรจาเพื่อเข้าร่วมสหภาพคือ “ตุรกีต้องมีความสัมพันธ์ในระดับปกติกับประเทศสมาชิกทุกประเทศของสหภาพยุโรป” (สามารถอ่านต่อถึงภูมิหลังความสัมพันธ์สหภาพยุโรป – ตุรกี และประเด็นเรื่องไซปรัส ได้ที่นี่)

สำหรับโครเอเชียนั้น อุปสรรคสำคัญในการเข้าร่วมสหภาพยุโรปคือประเด็นที่ทางการสหภาพยุโรปเห็นว่าทางโครเอเชียไม่ให้ความร่วมมือกับ International Criminal Tribunal for the Former Yugoslavia (ICTY) เท่าที่ควร ทว่า หลังจากที่นายพล Ante Gotovina ซึ่งถูกกล่าวหาว่าเป็นอาชญากรสงครามในสงครามบัลข่านระหว่างปีค.ศ. 1991-1995 ถูกจับกุมและถูกนำตัวไปให้แก่ ICTY เมื่อเดือนธันวาคม ค.ศ. 2005 ปัญหาดังกล่าวก็ลุล่วงไปได้ด้วยดี

อย่างไรก็ตาม หนทางในการเข้าร่วมสหภาพยุโรปของทั้งสองประเทศไม่เพียงแต่จะอีกยาวไกล ทว่ายังมีความเกี่ยวข้องกับประเด็นเรื่อง “อนาคตของสหภาพยุโรป” โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การรับรองธรรมนูญยุโรป อย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้

โดยเมื่อเดือนพฤษภาคมที่ผ่านมา นาย Olli Rehn กรรมาธิการยุโรปยังได้ออกมากล่าวถึง “ความสามารถในการรับสมาชิกใหม่ของสหภาพยุโรป” (absorption capacity) ทั้งในเชิงเศรษฐกิจและประสิทธิภาพของสถาบันต่างๆ และ ชี้ว่าหลังสนธิสัญญาในปัจจุบันเอื้อให้สหภาพยุโรปดำเนินงานได้สำหรับ 27 ประเทศเท่านั้น ดังนั้น หลังจากรับโรมาเนียและบัลการเรียแล้ว หากไม่มีการแก้ไขปัญหาเรื่องการรับรองธรรมนูญยุโรป สหภาพยุโรปอาจไม่มีประสิทธิภาพเพียงพอที่จะรับสมาชิกใหม่ได้อีก โดยทางคณะกรรมาธิการยุโรปจะทำรายงานเรื่อง “ความสามารถในการรับสมาชิกใหม่ของสหภาพยุโรป” อย่างเป็นทางการและนำเสนอในปลายปีนี้