เมื่อวันที่ 24 ก.ค. 2549 กรรมาธิการยุโรปด้านการยุติธรรมยอมรับเป็นครั้งแรกว่าประเทศสมาชิกสหภาพยุโรปใหม่ไม่สามารถจะเข้าร่วมในอาณาเขตไร้พรมแดนหรือเขตเชงเก้นได้ทันในเดือนตุลาคม 2550 ตามที่กำหนดไว้ เนื่องจากยังไม่สามารถพัฒนาระบบ Schengen Information System ระยะที่สอง (SIS II) ให้เสร็จได้ทันเวลา

ประเทศสมาชิกใหม่ 10 ประเทศซึ่งคือประเทศในยุโรปตะวันออกและในแถบเมดิเตอร์เรเนียนซึ่งเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปในเดือนพ.ค. 2547 ได้รับการคาดหมายว่าจะเข้าร่วมในเขตเชงเก้นในเดือนต.ค.ปีหน้า อย่างไรก็ตามนาย Franco Frattini กรรมาธิการด้านการยุติธรรมกล่าวให้สัมภาษณ์ว่า ระบบคอมพิวเตอร์ (SIS II) ซึ่งได้รับการพัฒนาให้มีความทันสมัยเพื่อให้อาณาเขตไร้พรมแดนมีความปลอดภัยนั้นไม่สามารถเสร็จและดำเนินการได้ทันเวลา การทำงานของระบบคอมพิวเตอร์ SIS II ซึ่งเดิมมีกำหนดปฏิบัติงานได้ภายในเดือนมี.ค. 2550 นั้นจำเป็นต้องเลื่อนออกไปเป็นเดือนพ.ย.ปีเดียวกันเป็นอย่างเร็ว การเลื่อนกำหนดออกไปนี้ทำให้การควบคุมชายแดนที่ท่าอากาศยานของประเทศสมาชิกใหม่จะได้รับการยกเลิกในเดือนมี.ค. 2551 เป็นอย่างเร็วหรืออาจช้าไปถึงเดือนต.ค.เนื่องจากระบบคอมพิวเตอร์จะเริ่มการทำงานได้ในเวลาพร้อมกันกับการปรับเปลี่ยนตารางบินตามฤดูกาลเท่านั้น

ความตกลงเรื่องเขตเชงเก้นเมื่อปี 2528 นั้นมุ่งหมายที่จะสร้างระบบการเข้าเมืองและระบบควบคุมชายแดนที่เป็นอันหนึ่งอันเดียวกันโดยได้ทำการยกเลิกการควบคุมชายแดนภายในระหว่างประเทศสมาชิกส่วนใหญ่แล้วแต่ยังคงรักษาความควบคุมบริเวณชายแดนด้านนอกอย่างเข้มงวดโดยเฉพาะอย่างยิ่งตั้งแต่การรับประเทศสมาชิกใหม่ 10 ประเทศเข้ามาเมื่อเดือนพ.ค. 2547 ซึ่งทำให้พรมแดนของสหภาพยุโรปย้ายไปทางตะวันออกมากขึ้น

อย่างไรก็ตามนาย Franco Frattini กรรมาธิการด้านการยุติธรรมกล่าวว่าประเทสสมาชิกใหม่อาจเริ่มการยกเลิกการใช้หนังสือเดินทางอย่างค่อยเป็นค่อยไปก่อนโดยเริ่มจากการควบคุมชายแดนทางบก ทั้งนี้ระบบคอมพิวเตอร์จะนำมาให้ประเทศสมาชิกใหม่ใช้ได้ก็ต่อเมื่อระบบผ่านการประเมินด้านความมั่นคงแล้วเท่านั้น